ヤフー知恵袋より

ややこしく感じるかも知れませんが、簡単です。
以下手順を行なってください。

まず、Chrome にログインしている場合は
chrome://chrome/settings/syncSetup
[同期の詳細設定…] にて
[同期するデータタイプを選択]し、
□ ブックマーク のチェックを外してください。

次に、
現在の「myXmarks」の状況をログインして確認します。
https://my.xmarks.com/
このページに表示されるブックマークが同期されるデータです。
(重複していたり、フォルダや表示位置がバラバラかも知れません)
このページで編集できますが、今は見るだけにします。

次に、
Chrome の [Xmarks]ボタンをクリックして
”Xmarks Settings”にて、
[Sync]タブ
□ Enable Automatic Synchronization のチェックを外します。
そして、[Close] して閉じます。

次に、
Ctrl + Shift + O(オー)
または、
レンチアイコン→ブックマーク→ブックマークマネージャ にて
ご自身のブックマークを編集してください。
フォルダや項目をドラッグして移動、右クリックして削除などができます。

編集が済んだらブックマークマネージャを閉じます。

次に、
Chrome の [Xmarks]ボタンをクリックして
”Xmarks Settings”にて、
[Advanced]タブ
Manual Upload: [Upload Bookmarks] をクリックします。

以上の手順で、現在のChrome のブックマークが
「myXmarks」にアップロードされます。
https://my.xmarks.com/ で確認してください。

以降、
ブックマークを自動同期したい場合は、
Chrome の [Xmarks]ボタンをクリックして
”Xmarks Settings”にて、
[Sync]タブ
□ Enable Automatic Synchronization 
のチェックを入れてください。
Chrome にブックマークを追加、編集、削除するとデータがXmarksに送られ、同期できます

もし不安がある場合は、以下手順で”手動同期”すると確実です。
Chrome の [Xmarks]ボタンをクリックして
”Xmarks Settings”にて、
[Sync]タブ
□ Enable Automatic Synchronization のチェックを外します
そして、
[Advanced]タブ
現在のChromeブックマーク状態を登録する場合は、
Manual Upload: [Upload Bookmarks] をクリックします。
サーバーのブックマークを読み込む場合は、
Manual Download: [Download Bookmarks] をクリックします。